BioSig

Z Wikiverzity
Skočit na navigaci Skočit na vyhledávání

BioSig (Biosignal Tools) je open-source knihovna pro zpracování biosignálů, specielně zaměřená na EEG/MEG/ECoG, ale jsou uvažovány i jiné biosignály, jako ECG, EMG atd. Projekt je veden v patrnosti v projektu Debian-Med.

Projekt BioSig[editovat]

(Informace dle http://biosig.sourceforge.net/ )

Základní údaje[editovat]

Knihovny[editovat]

Neznamená to ovšem, že by tyto knihovny implementovaly tytéž funkce v rozličných programovacích prostředích. Jedná se pouze o balíky různých funkcí, rozdělené podle užitých programovacích jazyků do tří balíků.

biosig4c++[editovat]

A C/C++ knihovna podprogramů pro čtení a zápis biosignálů v různých datových formátech.

Společný interface pro formáty:

  • ACQ(r)
  • BDF(rw)
  • BKR(r)
  • CFWB(rw)
  • CNT(r)
  • EDF(rw)
  • GDF(rw)
  • HL7aECG(rw)
  • SCP-ECG/EN1064(rw)

biosig4octmat[editovat]

A biosignal processing toolbox pro Octave a Matlab – balík nástrojů pro Octave a Matlab. Necelých 200 funkcí – viz přehled na http://biosig.sourceforge.net/help/index.html

Toolbox je rozdělen do následujících kategorií:

  • biosig/doc/*: Documentation and help.
  • biosig/t100/*: Data acquisition.
  • biosig/t200/*: Data formats, loading and saving routines.
  • biosig/t250/*: Quality control and artifact processing.
  • biosig/t300/*: Signal processing and feature extraction.
  • biosig/t400/*: Classification, single trial analysis
  • biosig/t450/*: Statistical tests for multiple comparisons.
  • biosig/t490/*: Evaluation criteria.
  • biosig/t5xx/*: Presentation and output.
  • biosig/viewer/*: Interactive viewer and scorer (requires Matlab).
  • tsa/*: Time series analysis.
  • nan/*: Statistics of data with missing values encoded as NaN (not a number).


Utility[editovat]

biosig-tools[editovat]

Konverzní utilita save2gdf umožní konvertovat data mezi různými formáty:

  • BDF
  • BVA (BrainVision)
  • CWFB
  • EDF
  • GDF (v1 and v2)
  • HL7aECG
  • SCP-ECG (EN1064)
  • BIN – rozdělí záznam do binárních souborů dle kanálů a dopíše ASCII hlavičku
  • ASCII – rozdělí záznam do ASCII souborů dle kanálů a dopíše ASCII hlavičku

SigViewer[editovat]

Grafický prohlížeč biosignálů (především EEG), Umožňuje pořizovat a ukládat poznámky; napsaný v C++, používá HW nezávislý GUI toolkit Qt 4. Nezávislý na OS, funguje na např. na Linuxu, Microsoft Windows a Mac OS X.

Tento prohlížeč je postaven na výše uvedené knihovně pro C++, demonstruje její možnosti (zpracovnání biosignálů v různých formátech).

Verze dostupných zdrojových balíků[editovat]

V současné době (2010-09-22) lze ze stránky

stáhnout následující balíky:

  • biosig4c++ v0.93 v sobě obsahuje:
    • libbiosig – BioSig for C/C++:
      • t210
      • t220
      • t230
      • t240
    • matlab (for Octave and Matlab): mexSLOAD + mexSOPEN
    • python (Biosig for Python using Swig): biosig.py biosig.so demo.py example.py
    • XMLParser
    • save2gdf – konverzní utilita
  • octave-biosig= BioSig for Octave and Matlab (dříve biosig4octmat) v2.50 – BioSig for Octave, FreeMat, and Matlab
  • freetb4matlab v0.43 – Free Toolboxes for Octave and Matlab
  • python-biosig (dříve biosig4python) v0.03 – BioSig for Python
  • rtsBCI v0.20 (Pro Matlab, ale jen pro MS Windows!)
  • SigViewer v0.4.2 (byl přesunut na vlastní stránku:

http://sigviewer.sourceforge.net)


binárky[editovat]

Balíky jsou k disposici také jako binárky v Debianu a Ubuntu. (Čísla verzí odpovídají situaci 2010-09-22):

knihovny[editovat]

libbiosig0[editovat]

  • /usr/lib/libbiosig.so.0.94.1
  • /usr/lib/libbiosig.so.0 = -> libbiosig.so.0.94.1

libbiosig-dev[editovat]

  • /usr/lib/libbiosig.a – archiv 169 modulů *.o
  • /usr/lib/libbiosig.so -> libbiosig.so.0

octave-biosig[editovat]

– prováže knihovní fce s Octave:

  • /usr/lib/octave/3.2.3/site/oct/i486-pc-linux-gnu/mexSLOAD.mex
  • /usr/lib/octave/3.2.3/site/oct/i486-pc-linux-gnu/mexSOPEN.mex

python-biosig[editovat]

  • /usr/lib/python2.6/dist-packages/_biosig.so
  • /usr/lib/python2.6/dist-packages/biosig.py

utility[editovat]

biosig-tools[editovat]

– konverzní utility:
  • /usr/bin/save2gdf – univerzální konverzní utilita
  • /usr/bin/save2scp = save2gdf -f=SCP $1 $2 $3 $4 $5 $6 $7
  • /usr/bin/save2aecg = save2gdf -f=HL7 $1 $2 $3 $4 $5 $6 $7

sigviewer[editovat]

  • /usr/bin/sigviewer


Dokumentace[editovat]

Datové formáty[editovat]

Podporované datové formáty: viz přehledná tabulka na http://hci.tugraz.at/schloegl/biosig/TESTED a dále: http://hci.tugraz.at/schloegl/matlab/eeg/

Formáty, podporované pro čtení i zápis v jazycích Matlab, Octave i C/C++:

  • CFWB
  • EDF
  • GDF v1
  • GDF v2
  • SCP-ECG

Formáty, podporované pro čtení i zápis v jazycích Matlab a Octave:

  • AIFF/C
  • AU/SND
  • BKR
  • CFWB
  • HEA/MIT
  • SND/AU
  • WAV

Formáty, podporované pro čtení i zápis v jazycích C/C++:

  • HL7aECG

Formáty, podporované jen pro čtení v jazycích Matlab a Octave: cca 45 dalších datových formátů

Celkem projekt BioSig vede v patrnosti cca 140 různých datových formátů.

Další projekty[editovat]

  • rtsBCI – real-time BCI (Brain-Computer Interface) system implementovaný v Matlabu a Simulinku (běží pouze pod Windozím Matlabem!)
  • BioProFeed
  • BCIx

Související stránky[editovat]

Odkazy[editovat]

BioSig[editovat]

Podobné stránky a projekty[editovat]