Biosignály/Software

Z Wikiverzity
Skočit na navigaci Skočit na vyhledávání

Biosignály: Software – softwarové projekty, určené pro práci s různými druhy biosignálů

Odkazy na medicínský software[editovat]

  • Medgpl – free/libre and open source medical software WIKI


Roztřídění[editovat]

BioSig[editovat]

Biosig (Biosignal Tools) je open-source knihovna pro zpracování biosignálů, speciálně zaměřená na EEG/MEG/ECoG, ale jsou uvažovány i jiné biosignály, jako ECG, EMG atd.

Balíky:

  • c++ – BioSig pro C/C++
  • octmat – BioSig pro Octave and Matlab
  • python – BioSig pro Python
  • rtsBCI – real-time BCI system implementovaný v Matlabu a Simulinku (běží pouze pod Windozím Matlabem!)
  • SigViewer – software na prohlížení biosignálů (především EEG), napsaný v C++, používá HW nezávislý GUI toolkit Qt 4.

(Podrobnější informace na samostatné stránce BioSig)

PhysioToolkit[editovat]

PhysioToolkit je velká a stále rostoucí softwarová knihovna pro zpracování a analýzu fyziologických signálů.

Balíky:

  • WFDB Software Package je hlavní softwarový balík PhysioToolkitu, kolekce různých programů posbíraných v průběhu posledních dvaceti let.
    • Podporované OS
      • FreeBSD
      • GNU/Linux
      • Mac OS/X (Darwin)
      • MS-Windows
      • Solaris
    • Hlavní části balíku:
      • WFDB library
      • WFDB applications
  • WAVE je interaktivní grafické prostředí pro manipulaci s naměřenými daty, vytvořené pomocí knihovny WFDB. Je postavený na XView toolkit a tím pádem je přenositelný na operační systémy GNU/Linux, FreeBSD PCs, Mac OS X, MS-Windows, Sun workstation.
  • Matlab a Octave – Popis, jak číst a zapisovat data ve formátu WFDB v prostředí Matlab a Octave a pár dalších aplikací.
  • Další balíky: Kromě knihovny WFDB existuje řada dalších aplikací, viz: PhysioToolkit Software Index

Podrobnější informace o projektu: PhysioToolkit

Electrocardiognosis[editovat]

  • ecgnosis.corlan.net
  • Licence: GPL
  • Autoři: Radu Corlan, Marius Seritan, Dan Corlan (Univerzitní nemocnice v Bukurešti, Rumunsko)

ECGnosis 2100 je EKG holter, tj.přenosné zařízení pro průběžné 24-hodinové monitorování EKG, napájené z baterie

Distribuovaný balík electrocardiognosis-3183.tgz v sobě zahrnuje adresáře:

  • SCHEMATICS – schemata k vlastní konstrukci EKG holteru, ve formátu OrCad v2
  • SRC – zdrojové programy pro zobrazení a analýzu nasnímaných EKG křivek na PC (v jazyku C)
  • SRC/holter – zdrojové programy pro firmware samotného holteru (jazyk C a assembler)

Z EKG analýzy umí dělat:

  • analýza P vln
  • HRV = Heart Rate Variability, tj. kolísání tepové frekvence v závislosti na dýchání
  • Poincarého diagram

Prakticky všechny soubory jsou z roku 1994 a jak to vypadá, projekt není dále vyvíjen ani udržován.

Další související projekty Dana Corlana:

  • clarrhmos – The Clinical Arrhythmia Model Simulator – simulátor srdečních arytmií na principu celulárního automatu


OpenEEG[editovat]

Projekt OpenEEG, který vznikl v roce 2001, se zabývá především vlastní hardwarovou konstrukcí EEG přístroje, zejména určeného pro biofeedback. Projekt je dosud živý, 9.3.2007 byla uvolněna verse BrainBay V1.2.

Hardware[editovat]

Hlavní konstruktér: Jörg Hansmann

Konstrukce je modulární pro 2 – 6 EEG kanálů. (Každá deska zesilovačů obsahuje dva předzesilovače, přístroj může obsahovat 1 – 3 takové desky.) Primárně je určený pro domácí laborování s biofeedbackem.

Software[editovat]

NeuroServer[editovat]

Standardní EEG server (pro platformu Linux i Windows), který sbírá surová data z modulárního EEG přístroje a posílá je protokolem TCP/IP do sítě. Hlavičky souborů používají standard EDF. Tento server podporují aplikace BrainBay, BioEra a EEGMIR.

BrainBay[editovat]

  • www.shifz.org/brainbay
  • Hlavní developeři: Chris Veigl, Jeremy Wilkerson
  • OS: Windows
  • Programovací jazyk: C++
  • Licence: GPL

Opensourcový projekt pro zpracování biosignálů. Používá knihovny SDL (Simple DirectMedia Layer)


BioEra[editovat]

  • www.bioera.net
  • Původní developer: Jarek Foltynski
  • Původní název: BioPro
  • Programovací jazyk: Java

Software, primárně určený pro biofeedback na PDA (tím pádem kvůli rychlosti užívá celočíselnou aritmetiku), ale je možné jej použít pro libovolné DSP (Digital Signal Processing = číslicové zpracování signálu).

Podporované OS:

  • Windows XP
  • Linux
  • Mac OS X
  • PocketPC PDA
  • linux PDA

Různé distribuce s odlišnou licenční politikou:

  • BioEra GPL (open source)
  • BioEra Lite (shareware s 3-měsíční zkušební lhůtou)
  • BioEra Pro (komerční)
  • BioEra PDA (komerční)

Vypadá to, že původní GPL verze již není podporovaná a že je k disposici na sourceforge.net pouze verse bioera-install-1.0.9.zip Není mi moc jasné, jak je možné, že z původně GPL projektu vznikl komerční software?

Balík bioera-install-1.0.9.zip obsahuje (kromě nějaké uživatelské dokumentace aj.) pouze soubory *.jar (Java archive), zdrojové soubory nikde nenacházím.

BWView[editovat]

  • http://uazu.net/bwview/
  • Původní developer: Jim Peters
  • Licence: GNU GPL v2
  • Programovací jazyk: C
  • OS: Windows, Linux

Program pro výpočet a zobrazené kmitočtového spektra, namísto tradiční FFT používá wavelety.

Neurophysiological analyzers[editovat]

Odkazy jsou nefunkční


EEGlab[editovat]

EEGlab je interaktivní Matlabový toolbox pro zpracování nativního i provokovaného EEG, MEG a dalších elektrofyziologických dat a jejich vizualizaci. Pro zpracování se používají metody:

  • independent component analysis (ICA)
  • time/frequency analysis
  • artifact rejection

BSP Toolbox[editovat]

Linux Heart Monitor[editovat]

Jednoduchý obvod, umožňující prostřednictvím zvukové karty monitorovat EKG.

Nějak se mi nedaří nalézt kompletní zdrojáky, balík LinuxHeartMonitor-0.1.tar.gz kromě nějakých drobností obsahuje nějaké dvě zkompilované ELF binárky.

Související stránky[editovat]

Související odkazy[editovat]