PhysioToolkit
PhysioToolkit PhysioToolkit je velká a stále rostoucí softwareová knihovna pro zpracování a analýzu fyziologických signálů.
Základní údaje[editovat]
- Domácí stránka projektu: www.physionet.org/physiotools
- Licence: GPL
Celá knihovna sestává z několika balíků:
WFDB Software Package[editovat]
WFDB je hlavní softwareový balík PhysioToolkitu, kolekce různých programů posbíraných v průběhu posledních dvaceti let.
Podporované OS:
- FreeBSD
- GNU/Linux
- Mac OS/X (Darwin)
- MS-Windows
- Solaris
Hlavní části balíku:
WFDB library[editovat]
Licence: LGPL
Programovací jazyky: ANSI/ISO C, K&R C, C++, Fortran
OS: Unix, MS-DOS, MS-Windows, the Macintosh OS, VMS
Knihovny funkcí, určené především pro čtení a zápis dat v různých formátech, zejména používaných databází PhysioBank.
Kromě toho knihovna obsahuje dva další balíky jako interface mezi knihovními funkcemi a dalšími jazyky:
- WFDB_tools – Perl, Python, C# (a další .NET jazyky), Java
- wfdb-swig – jazyky podporované SWIG, jako jsou skriptovací jazyky Perl, PHP, Python, Tcl a Ruby. a neskriptovací jazyky jako C#, Common Lisp (CLISP, Allegro CL, CFFI, UFFI), Java, Lua, Modula-3, OCAML a R, jakož i některé interpretované i kompilované implementace Scheme (Guile, MzScheme, Chicken).
WFDB applications[editovat]
Rozsáhlý soubor řádkově orientovaných (a tedy dobře přenositelných) příkazů pro zpracování a analýzu signálů, rozdělené do tří adresářů:
- app – cca 40 různých aplikací (viz WFDB Applications Guide)
- convert – konverze do cizích formátů nepodporovaných přímo MIT (tj. PhysioBank neboli WFDB), zejména EDF (European Data Format) a AHA DB.
- psd – Power spectral density estimation
WAVE[editovat]
WAVE je interaktivní grafické prostředí pro manipulaci s naměřenými daty, vytvořené pomocí knihovny WFDB. Je postavený na XView toolkit a tím pádem je přenositelný na operační systémy GNU/Linux, FreeBSD PCs, Mac OS X, MS-Windows, Sun workstation.
Instalace[editovat]
Stačí stáhnout binárku wawe a knihovnu wfdb:
cd /usr/local/bin
wget -m http://www.physionet.org/physiotools/binaries/intel-linux/wfdb/usr/bin/wave
cd /usr/lib
wget -m http://www.physionet.org/physiotools/binaries/intel-linux/wfdb/usr/lib/libwfdb.so.10.4
ln -s libwfdb.so.10.3 libwfdb.so.10
ln -s libwfdb.so.10.3 libwfdb.so
/sbin/ldconfig
ldd wave
libssl.so.5 => not found
libcrypto.so.5 => not found
...
libssl.so.0.9.8 => /usr/lib/i686/cmov/libssl.so.0.9.8 (0xb79db000)
libcrypto.so.0.9.8 => /usr/lib/i686/cmov/libcrypto.so.0.9.8 (0xb7891000)
??
ln -s libssl.so.0.9.8 libssl.so.5
ln -s libcrypto.so.0.9.8 libcrypto.so.5
/sbin/ldconfig
Matlab a Octave[editovat]
Popis, jak číst a zapisovat data ve formátu WFDB v prostředí Matlab a Octave a pár dalších aplikací.
Další balíky[editovat]
Kromě knihovny WFDB existuje řada dalších aplikací. Jejich seznam je v přehledné tabulce PhysioToolkit Software Index