BioSig

Z Wikiverzity

Přejít na: navigace, hledání

BioSig (Biosignal Tools) je open-source knihovna pro zpracování biosignálů, specielně zaměřená na EEG/MEG/ECoG, ale jsou uvažovány i jiné biosignály, jako ECG, EMG atd. Projekt je veden v patrnosti v projektu Debian-med.

Obsah

[editovat] Základní údaje

[editovat] Prezentace

[editovat] Další odkazy

[editovat] Balíky

[editovat] Knihovny podle programovacích jazyků

Neznamená to ovšem, že by tyto knihovny implementovaly tytéž funkce v rozličných programovacích prostředích. Jedná se pouze o balíky různých funkcí, rozdělené podle užitých programovacích jazyků do tří balíků.

[editovat] Další balíky

  • rtsBCI – real-time BCI (Brain-Computer Interface) system implementovaný v Matlabu a Simulinku (běží pouze pod Windozím Matlabem!)
  • SigViewer – software na prohlížení biosignálů (především EEG), napsaný v C++, používá HW nezávislý GUI toolkit Qt 4.

[editovat] Projekt BioSig

(Informace dle http://biosig.sourceforge.net/ )

[editovat] Toolbox: BioSig for Octave and Matlab

A biosignal processing toolbox pro Octave a Matlab – balík nástrojů pro Octave a Matlab. Toolbox je rozdělen do následujících kategorií:

  • biosig/doc/*: Documentation and help.
  • biosig/t100/*: Data acquisition.
  • biosig/t200/*: Data formats, loading and saving routines.
  • biosig/t250/*: Quality control and artifact processing.
  • biosig/t300/*: Signal processing and feature extraction.
  • biosig/t400/*: Classification, single trial analysis
  • biosig/t450/*: Statistical tests for multiple comparisons.
  • biosig/t490/*: Evaluation criteria.
  • biosig/t5xx/*: Presentation and output.
  • biosig/viewer/*: Interactive viewer and scorer (requires Matlab).
  • tsa/*: Time series analysis.
  • nan/*: Statistics of data with missing values encoded as NaN (not a number).

[editovat] BioSig for C/C++

A C/C++ knihovna podprogramů pro čtení a zápis biosignálů v různých datových formátech.

Společný interface pro formáty:

  • ACQ(r)
  • BDF(rw)
  • BKR(r)
  • CFWB(rw)
  • CNT(r)
  • EDF(rw)
  • GDF(rw)
  • HL7aECG(rw)
  • SCP-ECG/EN1064(rw)

Konverzní utilita save2gdf umožní konvertovat data do formátů:

  • BDF
  • CWFB
  • EDF
  • GDF (v1 and v2)
  • HL7aECG
  • SCP-ECG


[editovat] SigViewer

A viewing and scoring software for biosignals: prohlížeč a vyhodnocovač pro biosignálů, původně určený pro EEG. Umožňuje pořizovat a ukládat poznámky

  • Programovací jazyk: C++
  • GUI toolkit: Qt 4
  • Nezávislý na OS, funguje na např. na Linuxu, Microsoft Windows and Mac OS X

[editovat] Další projekty

  • rtsBCI: A realtime BCI system implemented in Matlab and Simulink
  • BioProFeed
  • BCIx

[editovat] Dokumentace

[editovat] Datové formáty

Podporované datové formáty: viz přehledná tabulka na http://hci.tugraz.at/schloegl/biosig/TESTED a dále: http://hci.tugraz.at/schloegl/matlab/eeg/

Formáty, podporované pro čtení i zápis v jazycích Matlab, Octave i C/C++:

  • CFWB
  • EDF
  • GDF v1
  • GDF v2
  • SCP-ECG

Formáty, podporované pro čtení i zápis v jazycích Matlab a Octave:

  • AIFF/C
  • AU/SND
  • BKR
  • CFWB
  • HEA/MIT
  • SND/AU
  • WAV

Formáty, podporované pro čtení i zápis v jazycích C/C++:

  • HL7aECG

Formáty, podporované jen pro čtení v jazycích Matlab a Octave: cca 45 dalších datových formátů

Celkem projekt BioSig vede v patrnosti cca 140 různých datových formátů.


[editovat] Knihovní funkce Matlab

Necelých 200 funkcí – viz přehled na http://biosig.sourceforge.net/help/index.html


[editovat] Související stránky a projekty

[editovat] Dostupné balíky

V současné době (leden 2008) lze ze stránky http://biosig.sourceforge.net/download.html stáhnout následující verze:

biosig4octmat – BioSig for Octave, FreeMat, and Matlab (2007-01-23)

  • Stable: Version 1.98
  • Experimental: Version 2.00

biosig4c++ – BioSig for C/C++ (2005-09-12)

  • Testing: Version 0.53
  • Experimental: Version 0.54

biosig4python – BioSig for Python (experimental 2006-03-24)

  • Version 0.02

SigViewer (stable 2007-05-03)

  • SigViewer-src – Source Version 0.1.7 (zdroje, nezávislé na platformě)
  • SigViewer-win32 – Windows Binary Version 0.1.7
  • SigViewer-linux – Linux Binary Version 0.1.7
  • SigViewer-macosx10.5 – Mac OS X Intel Binary Version 0.1.7 (Mac OS X 10.5)
  • SigViewer-macosx10.4 – Mac OS X Intel Binary Version 0.1.7 (Mac OS X 10.4)

rtsBCI

  • Version 0.20 (Pro Matlab, ale jen pro MS Windows!)

[editovat] Instalace balíků

Viz podrobné stránky o jednotlivých balících:

[editovat] Související stránky

Citováno z „http://cs.wikiversity.org/wiki/BioSig“